穷究五经
　　吴澄到了晚年，更加专心致志，穷究“五经”。在总结数十年治经成果的基础上，着力撰写了《五经纂言》，完成了经学史上的一大壮举，实现了他终生研究经学的宏愿。　元仁宗延祐三年（1316），吴澄漫游宜黄（今江西宜黄县），入山留居五峰僧舍，历时六月有余，修成《易纂言》。五年（1318）春，吴澄除集贤直学士，特升奉议大夫，朝廷当即委派集贤修撰虞集奉诏前往江西迎致。吴澄应召，于五月启程，八月到达仪真（今江苏仪征县），突然疾病发作，不能前行，只得暂时滞留淮南。十一月寓居建康（今江苏南昌市），修成《书纂言》以后返家。
　　元英宗至三年（1323），朝中元老大臣一致举荐吴澄为当代天下儒士之冠，故有旨超授翰林学士、知制诰同修国史，进阶太中大夫，并委派直省合人刘布囗齐奉敕前去聘召。舍人到了崇仁，代皇帝向吴澄殷勤致意，还说：“皇上固知先生年事已高，所以来召者，必欲见先生，宜毋以此为辞！”吴澄拜命即行，于五月抵达京师，六月入翰林院就任。七月，诏令吴澄撰写《金书佛经序》，以资皇室追荐冥福之用。他颇有异议，后因皇帝驾崩而止。
　　泰定元年（1324）二月，朝廷采纳江浙行省左丞赵简的建议，大开经筵进讲。中书平章政事张珪主持讲席，分派吴澄担任经学讲官。三月，吴澄为泰定帝讲述《中庸》“舜其大孝”章以及《资治通鉴》数条。由于他进讲时言温气和，经旨敷畅，颇得古人劝讲之体，因此使皇上听后甚为满意。七月，吴澄奉诏纂修《英宗实录》。次年十二月，纂修事毕，吴澄又告病还乡。
　　泰定三年（1326）。张挂上疏皇帝，恳请起用吴澄。他说：
　　翰林学士吴澄，心正而量远，气充而神和，博考于事物之赜而达乎圣贤之蕴，致察于践履之微而极乎神化之妙，正学真传，深造自得，实与末俗盗名欺世者霄壤不同。粤自布衣，一再收召，超擢学士，有识君子不以为过。前当讲明创切，温润完厚，康健聪明，经学之师，当代寡二。虽蒙恩赐存抚，为礼甚优，然合召还，资其学问，良非小补。
　　于是，泰定帝下诏加授吴澄为资善大夫，仍任翰林学士，知制诰同修国史，但吴澄终究称病未赴。
　　吴澄闲居故里，依然一如既往地精心研究“五经”，继《易纂言》、《书纂言》之后，他又陆续修成了《诗纂言》、《春秋纂言》、《礼记纂言》、《易纂言外翼》等书。元顺帝元统元年（1333）六月，吴澄不幸感冒得疾，家人延医诊治无效，历时数日竟与世长辞。噩耗传至朝廷，有旨加赠资德大夫、江西等处行中书省左丞上护军，追封临川郡公，谥曰文正。
　　吴澄终生治经，孜孜不倦，从年轻时校订“五经”，到中年又“采拾群言”，“以己意论断”，再“条加记叙”，并努力探索朱熹研究五经“未尽之意”，直至晚年方才修成《五经纂言》。除了《诗纂言》而外，其余《易纂言》、《书纂言》、《礼记纂言）、《春秋纂言》四种以及《易纂言外翼》、《仪礼逸经传》、《孝经定本》、《道德真经注》等书，均为《四库全书》所著录。黄宗羲季子黄百家在《宋元学案·草庐学案》中评赞曰：“朱子门人多习成说，深通经术者甚少。草庐《五经纂言》，有功经术，接武建阳（朱熹），非北溪（陈淳，朱熹“高弟”之一）诸人可及也。”
　　的确如此，吴澄撰修《五经纂言》，在编次整理经文的同时，还特别对其内容从义理方面加以疏解，深入探讨其微言大义，发明张大朱熹之说。他摆脱了汉唐局限于文字训诂的治经方法，在五经研究上完成了由汉、唐的典制训诂转入宋元的义理疏注这一发展过程。毋庸置疑，这确是“朱子门人所不及”的经学成就。即使在元代，研究五经者虽然不乏其人，但唯有吴澄的成就最为显著。

草庐学说
　　朱熹的学说对吴澄影响很大
　　吴澄与许衡同为元代名儒，当时号称“北有许衡，南有吴澄”。许衡主要是承传程、朱之学，而吴澄则主要是折衷朱、陆之学。《宋元学案·草庐学案》将吴澄列为“朱熹四传”、“象山私淑”。全祖望说：“草庐出于双峰（饶鲁），固朱学也，其后亦兼主陆学”；“然草庐之著书，则终近乎朱”。（《宋元学案》卷92）吴澄，就其师授而言，当是朱学人物，所著《五经纂言》，也是“接武建阳（朱熹）”；但从其论学实际来看，吴澄又是元代“和会朱陆”的突出人物。对于朱、陆之学，他既看到了其相同的一面，也看到了其相异的一面，他企图解决朱、陆之间的矛盾，进而和会朱、陆。在理学上，吴澄确实谈了不少朱学的内容；但对于朱、陆的分歧，他又基本否定了朱熹的“道问学”论，而接受了陆学的本心论，提倡读书问学当以陆象山的“尊德性”为本，这在一定程度上克服了朱熹哲学方法与体系的矛盾。因此，草庐学说是折衷朱、陆的产物。
　　以下分别从道统论、天道观、心性说三个主要的方面，对吴澄的理学思想进行简要的论析。
　　道统论儒家道统说，始于唐代古文家韩愈。韩愈为了辟佛反老，特提出儒家圣人传道的道统。此说一倡，遂为后世儒家所祖述，道统也就成了儒学名流自谓得孔门心传、以抬高自己身价的工具。程颐、朱熹、陆九渊等人就是如此，吴澄则更有甚之。他19岁作《道统图》，便慨然以接武朱熹继承道统自任。对于道统，吴澄曾有这样的论述：
　　道之大原出于天，神圣继之。尧舜而上，道之元也；尧舜而下，其亨也；诛泅邹鲁，其利也；镰洛关闽，其贞也。分而言之，上古则羲皇其元，尧舜其亨，禹汤其利，文武周公其贞乎！中古之统，仲尼其元，颜曾其亨，子思其利，孟子其贞呼！近古之统，周子其元，程张其亨也，朱子其利也。孰为今日之贞乎？未之有也，然则可以终无所归哉？（《元史·吴澄传》）
　　从这段文字中，充分体现出吴澄道统论的几个主要观点：
　　其一，以天为道统之原。韩愈的道统始于尧舜，而吴澄则借用董仲舒“道之大原出于天”之说，视天为道统之原，尧舜继之。这显然反映了宋以来儒家的宇宙本体观念。
　　其二，高度重视宋代理学。吴澄根据《周易》的元、亨、利、贞排列，把道统的发展过程分为上古、中古。近古三个历史阶段，每一阶段又分为元、亨、利、贞四个小段；而特别把两宋理学排在儒学发展的“近古”阶段，亦即最后阶段，处于终结之“贞”的最高位置。这表明吴澄对于两宋理学的极端重视。
　　其三，一自我标榜为朱子传人。吴澄在《道统图》中，将近古理学阶段从周敦颐发展到朱熹，按序排列为元、亨、利，而处于终结的“贞”却有意留下一个空缺。显然，吴澄的本心是想以“贞”自任，从而跻身于宋儒诸子之列，成为朱熹之后道统的继承人。
　　天道观探讨太极、理、气的内涵及其相互关系，是理学的基本内容。吴澄的天道思想，主要包括自然观、太极与理气论。关于天、地、日、月和人、物的形成，吴澄认为皆本于“一气”。他曾经说过：
　　天地之初，混沌洪濛，清浊未判，莽莽荡荡，但一气尔。及其久也，其运转于外者，渐渐轻清，其凝聚于中者，渐渐重浊；轻清者积气成象而为天，重浊者积块成形而为地。天之成象者日月星辰也，地之成形者水火土石也。天包地外，旋绕不停，则地处天内，安静不动，天之旋绕，其气急劲，故地浮载其中，不陷不堕，歧伯所谓大气举之是也。天形正国如虚球，地隔其中，人物生于地上，地形正方如搏骰，日月星辰旋绕其外，自左而上，自上而右，自右而下，自下复左。（《吴文正公全集》卷1《原理》）
　　吴澄的所谓“气”具有实体性，是形成天地人物的质料。这种认识应当说具有一定的唯物论因素。
　　然而，吴澄并未把“气”作为宇宙的本原，而将宇宙本原另属之于“理”和太极。对于气与理的关系，吴澄认为：“自未有天地之前至既有天地之后，只是阴阳二气而已。本只是一气，分而言之则日阴阳，又就阴阳中细分之，则为五行，五行即二气，二气即一气。气之所以能如此者何也？以理为之主宰也。理者非别有一物在气中，只是为气之主宰者即是，无理外之气，亦无气外之理。”（《吴文正公全集》卷2《答人问性理》）吴澄认定理是气的主宰者，但它又寓于气中，理气不可分割。
　　关于理和太极的关系，吴澄则视理为太极，为精神本体。在他看来，天地生灭，人销物尽的变化反复，统统是由于“太极为之”。太极之所以能起到主宰宇宙的作用，是由于它本身包含的动静之理，能随“气机”之动静而动静。但太极本身又是“冲漠无朕，声息泯然”，“无增无减，无分无合”。可见，吴澄是把太极作为宇宙的本原，而太极本身却是一个寂然不动的绝对体，这种宇宙观无疑属于唯心主义的范畴。
　　再进一步，吴澄还把太极等同于天、帝、神、命、性、德、仁等范畴。按照他的解释，太极就其“全体自然”而言叫做天，就其“主宰造化”而言叫做帝，就其“妙用不测”而言叫做神，就其“赋与万物”而言叫做命，再就“物受以生”而言叫做性，得此性便叫做德，就其“具于心”而言叫做仁。如此一来，吴澄的所谓“太极”，不仅是宇宙的本体，是普照天地的万能神，而且它还具有道德的属性，是人生最高的理想和极则，也就是天理。
　　心性说人如何认识天理，并做到与之合一，这是理学家们研究的重要课题。朱熹是持之以格物，陆九渊是持之以本心，而吴澄则是“和会朱陆”，形成了自己的心性说。